Hiện nay, lăng mộ cụ Phạm Phú Thứ ở tại quê nhà tại làng Đông Bàn thôn Nam Hà 1 xã Điện Trung thị xã Điện Bàn tỉnh Quảng Nam, đã được chính quyền địa phương cùng con cháu dòng tộc Phạm Phú tôn tạo lại, và đã được xếp hạng di tích Lịch sử Văn hóa cấp tỉnh.

Tên ông cũng đã được dùng để đặt tên cho bốn ngôi trường, đó là: Trường Tiểu học Phạm Phú Thứ, tại xã Điện Phương, thị xã Điện Bàn, tỉnh Quảng Nam; Trường trung học phổ thông Phạm Phú Thứ tại Gò Nổi (Điện Bàn, Quảng Nam), trường Trung học phổ thông Phạm Phú Thứ tại xã Hòa Sơn (Hòa Vang, thành phố Đà Nẵng), và trường trung học phổ thông Phạm Phú Thứ ở đường Gia Phú, Quận 6, thành phố Hồ Chí Minh. Ở thị trấn Vĩnh Điện, huyện Điện Bàn[20] và quận Tân Bình, thành phố Hồ Chí Minh, Quận Hải Châu Thành phố Đà Nẵng, Thành phố Hải Phòng, Thành phố Bà Rịa tỉnh Bà Rịa Vũng Tàu và nhiều tỉnh thành khác cũng có con đường mang tên ông.

Sinh thời ông đã hướng dẫn người làng Đông Bàn quê ông chế tác xe đạp nước, xe trâu là công cụ thủy lợi khá hữu ích bà con nông dân đỡ vất vã mà năng suất lúa tăng lên.

Về sau nhiều nơi trong ngoài tỉnh Quảng Nam áp dụng phổ biến. Liên kết bài về xe trâu xe đạp nước:1